南京医科大学有多个校区，分布在南京不同的区域,主要校区及其所属区如下：
五台山校区
- 所属区： 鼓楼区
- 地址： 南京市鼓楼区广州路140号
- 简介： 这是南京医科大学最老、最经典的校区，位于市中心繁华的鼓楼区，校园环境优美，历史悠久，紧邻著名的五台山体育场,很多重要的行政机构和历史建筑都设在这里。
江宁校区
- 所属区： 江宁区
- 地址： 南京市江宁区龙眠大道101号
- 简介： 这是南京医科大学的主校区，也是面积最大、设施最新的校区，绝大多数的本科生、研究生以及大部分学院都集中在这里，校区非常大，教学、科研和生活设施都非常现代化和完善。
迈皋桥校区
- 所属区： 栖霞区
- 地址： 南京市栖霞区迈皋桥街道高家村50号
- 简介： 这个校区相对较小，主要是南京医科大学第二临床医学院和南京医科大学第二附属医院（迈皋桥院区）的所在地,以临床医学教学和实践为主。
常州校区
- 所属区： 江苏省常州市武进区
- 地址： 江苏省常州市武进区滆湖中路21号
- 简介： 虽然地理位置不在南京，但这也是南京医科大学的一个重要校区，它由南京医科大学与常州市人民政府共建，主要承担研究生培养、科研以及部分本科生的教学任务。
| 校区名称 | 所属区域 | 主要功能 |
|---|---|---|
| 五台山校区 | 鼓楼区 | 行政、历史、部分研究生教育 |
| 江宁校区 | 江宁区 | 主校区，本科生、研究生主要教学区 |
| 迈皋桥校区 | 栖霞区 | 临床医学教学、第二附属医院所在地 |
| 常州校区 | 常州市武进区 | 研究生培养、科研、部分本科教学 |
当人们问南京医科大学在哪个区时，最准确的回答是：它有多个校区，主要分布在鼓楼区（五台山校区）和江宁区（江宁校区）。 江宁校区是规模最大、学生最多的主校区。
